Una vez que llegó a Andorra el 7 de diciembre de 1937, el Fundador del Opus Dei se encaminó a Lourdes para postrarse a los pies de la Virgen, darle gracias y poner en sus manos los siguientes pasos apostólicos. Poco después, en Pamplona, pudo hacer unos días de retiro espiritual. Contactó con el Obispo de Madrid D. Leopoldo Eijo y Garay y con el Vicario General de la diócesis.
Pronto se trasladó a Burgos donde fijó su residencia en una habitación de un pequeño hotel.
Allí recomenzó su actividad, en primer lugar espiritual; vida de oración, Santa Misa, rezo del breviario, etc. Durante aquellos meses fue también intensa su penitencia para desagraviar por los pecados de la guerra civil.
Enseguida, empezó una tarea de búsqueda y localización de los fieles del Opus Dei y de las personas que trataba en Madrid: residentes de Ferraz, amigos, etc. A ellos les dedicó muchas horas de atención espiritual personal, predicación, dirección de clases de formación, etc. Realizó frecuentes viajes a los diversos frentes de guerra para hablar con muchos jóvenes y dirigirlos espiritualmente. También viajó a Córdoba y Sevilla para localizar a algunos fieles del Opus Dei que se encontraban allí.
Se ocupó de redactar y difundir un sencillo boletín con noticias de unos y otros, para estimular la caridad entre aquellos jóvenes. También escribía frecuentemente a los fieles del Opus Dei que estaban en Madrid y a su madre, a través de Francia.
Comenzó un nuevo trabajo de investigación, al haber perdido en Madrid el material reunido para su tesis doctoral. El estudio teológico-jurídico al que se orientó se centraba en la jurisdicción cuasi-episcopal que llegó a tener la Abadesa del Monasterio de las Huelgas, situado en las afueras de Burgos. Solía acudir a pie a la Biblioteca del Monasterio para estudiar los legajos que allí se conservaban. En 1939 defendió la tesis en la Facultad de Derecho de la Universidad de Madrid.
Asimismo, visitó a varios obispos para explicarles el Opus Dei: por ejemplo, a los de Ávila, León, Santiago de Compostela, etc. También comenzó a impartir ejercicios espirituales al clero diocesano, a religiosas y a laicos, a petición de los obispos.
Dedicó tiempo a la preparación de su libro Camino, que se editaría en Valencia en 1939.
A. VÁZQUEZ DE PRADA,El Fundador del Opus Dei, ed. Rialp, Madrid 2002, Vol. II, pp. 240-380.
P. RODRÍGUEZ, El doctorado de san Josemaría en la Universidad de Madrid, SetD 2 (1008) 13-104.