Otro rasgo de la espiritualidad del Opus Dei es la insistencia en la libertad cristiana. Según Cristo, la verdad nos hará libres (cf. Jn 8, 32). La libertad —recuerda el fundador— “necesita un norte, una guía. (…) Rechazad el engaño de los que se conforman con un triste vocerío: ¡libertad, libertad! Muchas veces en ese mismo clamor se esconde una trágica servidumbre: porque la elección que prefiere el error, no libera; el único que libera es Cristo, ya que sólo Él es el Camino, la Verdad y la Vida” (Amigos de Dios,26).

El amor a la libertad está íntimamente vinculado a la mentalidad secular propia del carisma del Opus Dei, que recuerda la necesidad de que los bautizados asuman con responsabilidad las decisiones de sus propios actos, que deben ser reflejo de una conciencia rectamente formada.

Al hacer uso de esa libertad de espíritu genuinamente cristiana, los miembros del Opus Dei deben esforzarse en la lealtad, en la caridad, en la comprensión y respeto a las opiniones del otro; deben tener un profundo afán de justicia; capacidad para sacrificarse al servicio de los intereses de la comunidad civil; y un gran respeto al Magisterio de la Iglesia.

Es lógico que algunos fieles de la prelatura se impliquen en la vida ciudadana y asuman compromisos políticos muy variados, en el ejercicio de su libertad personal, sin comprometer a la institución. El fundador señalaba que “el Opus Dei no está vinculado a ningún país, a ningún régimen, a ninguna tendencia política, a ninguna ideología" (Conversaciones..., 65), y al comentar la plena libertad con la que las personas del Opus Dei actúan en cuestiones personales añadía que todos saben "asumir sus propias responsabilidades, y abominan de todo intento de servirse de la religión en beneficio de posturas políticas y de intereses de partido” (Conversaciones...,  65).

“Si hay algo que decir, relacionado con la vida pública de un país, lo tiene que decir la jerarquía eclesiástica episcopal. Nosotros, no. Nosotros defendemos la libertad personal de los nuestros y de todos” (P. Urbano, El hombre de Villa Tevere, p. 271).

 "En el Opus Dei el pluralismo es querido y amado, no sencillamente tolerado y en modo alguno dificultado” (Conversaciones..., 67).

La finalidad del Opus Dei es exclusivamente espiritual. Por eso, decía con rotundidad el fundador: “Si alguna vez, un miembro del Opus Dei intentara imponer, directa o indirectamente, un criterio personal a los demás socios, o servirse de ellos con fines humanos, saldría expulsado sin miramientos, porque los demás socios se rebelarían legítimamente, santamente" (Conversaciones..., 39). Cada uno es libre de pensar, juzgar y decidir según su criterio, con respeto a la fe y a la moral católica.