Contiguo al Patronato de Santa Isabel está el Real Colegio de Santa Isabel, en el nº 46 de la calle de Santa Isabel.
El Colegio está en el solar de la antigua casa de campo de Antonio Pérez, Secretario de Felipe II. La caída política del secretario dio lugar a que sus bienes pasaran al patrimonio real. En 1595, Felipe II consideró que la casa de su antiguo secretario era la adecuada para instalar un colegio, y, así, fundó la llamada Casa- Recogimiento de Santa Isabel, en memoria de su hija la infanta Isabel Clara Eugenia, condesa de Flandes, con la advocación de Santa Isabel, reina de Hungría.
El colegio abrió sus puertas el 6 de agosto de ese mismo año con la función de educar a niños huérfanos de ambos sexos, si bien durante el reinado de Felipe II se dedicó únicamente a la instrucción de niñas. En 1610 el colegio se va a vincular a la comunidad de religiosas agustinas -fundada en 1589 por Prudencia Grilo y fray Alonso de Orozco en la calle del Príncipe- aprovechando el traslado de las monjas a un edificio anejo al colegio por iniciativa de la reina Margarita de Austria.
En 1738, Felipe V dispuso que el colegio pasara a ser un centro que asistiera preferentemente a niñas huérfanas de empleados de la Casa Real, el ejército y el Estado, función que continuó desempeñando hasta 1859 en que pasa a estar a cargo de las reverendas Madres de la Asunción, quienes lo dedican a colegio gratuito para niñas pobres.
San Josemaría en el Colegio de Santa Isabel
El Fundador del Opus Dei solía confesar a las alumnas de este Colegio, como pone de manifiesto en sus Apuntes.
El 27 de junio de 1944 José María Hernández Garnica, uno de los primeros sacerdotes del Opus Dei, celebró la Primera Misa en la Capilla de este colegio.
Fueron padrinos eclesiásticos José María Bueno Monreal y el P. López Ortiz.
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