José Javier Marcos nació en Palencia el 19 de marzo de 1961. Estudió Derecho en las Universidades de Valladolid y León. Es doctor en Teología por la Universidad Pontificia de la Santa Cruz.
De 1984 a 1990 ejerció como abogado en Burgos, donde fue Presidente de la Agrupación de abogados jóvenes. Entre 1987 y 1990 formó parte de la Comisión Especial Provincial sobre drogadicción y ayuda al drogodependiente.
En el año 1992 fue nombrado Director de promoción y desarrollo y miembro del Consejo del Rector de la Universidad Pontificia de la Santa Cruz, coordinando y dirigiendo las áreas de promoción económica, oficina de información, asesoramiento jurídico, publicaciones y el departamento de personal.
Tras su ordenación sacerdotal en 1998, ha sido profesor de Teología moral. Es autor de diversas publicaciones sobre afectividad y vida moral cristiana, y ha ejercido su ministerio pastoral durante años con jóvenes y estudiantes universitarios.
En 2010 fue nombrado Vicario Secretario Central de la Prelatura del Opus Dei, y ha desempeñado esa tarea hasta 2017. Durante estos años ha colaborado con Mons. Javier Echevarría en el gobierno central de la Prelatura y ha tenido ocasión de viajar a numerosos países en los que el Opus Dei desarrolla su labor apostólica.
Tras el Congreso General celebrado a finales de enero de este año, ha sido nombrado Vicario para la Delegación de Madrid-Este. Esta circunscripción de la Prelatura coordina el trabajo apostólico en la zona oriental de la Comunidad de Madrid, Segovia, Guadalajara, Cuenca y las Islas Canarias.