Gozó en vida, desde joven, de gran fama de santidad, como atestiguan numerosos testimonios y confirma un comentario privado de Pablo VI. El Papa, que conocía al fundador desde 1946, le consideraba "una de las personas que había recibido más carismas y que había correspondido con más generosidad a esos dones". (P. Berglar, Opus Dei, Vida y obra del fundador, p. 330).
Su fama de santidad se extendió de forma espontánea tras su muerte santa, como puso de relieve el cardenal Poletti en el Decreto con el que se inició en Roma la Causa de Canonización. Miles de personas se dirigieron al Papa pidiendo la apertura de la Causa: gentes sencillas, intelectuales, campesinos, jefes de Estado, políticos, familias enteras de los países más diversos… Y un alto número de eclesiásticos: 69 cardenales y 1.300 obispos, más de un tercio del episcopado mundial.
En su fase diocesana, la Causa celebró un total de 980 sesiones en Madrid y en Roma, en las que recogió las declaraciones de 92 testigos, todos oculares. La mitad de esos testigos no pertenecían al Opus Dei.
El 9 de abril de 1990 la Congregación para las Causas de los Santos publicó el decreto por el que el Papa proclamó sus virtudes heroicas. El 6 de julio de 1991, un nuevo proceso reconoció el carácter milagroso de una curación científicamente inexplicable atribuida a su intercesión. El 17 de mayo de 1992, en la plaza de san Pedro de Roma, durante la ceremonia de beatificación, Juan Pablo II subrayó que “la actualidad y trascendencia de su mensaje espiritual profundamente enraizado en el Evangelio, son evidentes, como lo muestra también la fecundidad con la que Dios ha bendecido la vida y obra de Josemaría Escrivá”. (Juan Pablo II, Homilía, 17-V-92).
Se recibieron en la Oficina de la Postulación de su Causa en Roma relatos de favores atribuidos a su intercesión procedentes de numerosos países, incluso de algunos en los que no trabajaba nadie del Opus Dei. El 6 de octubre de 2002, tras haber reconocido un nuevo milagro atribuido a la intercesión del fundador, Juan Pablo II procedió a la canonización de Josemaría Escrivá de Balaguer en la plaza de san Pedro, en presencia de 500 cardenales y obispos y una considerable multitud de fieles. El Papa recordó que “en octubre de 2002 tuve la alegría de inscribir en el Registro de los Santos a Josemaría Escrivá de Balaguer, fundador del Opus Dei, celoso sacerdote, apóstol de los laicos para tiempos nuevos”. (Juan Pablo II, ¡Levantaos! ¡Vamos!, p. 109). La fiesta de San Josemaría se celebra el 26 de junio.
La influencia de San Josemaría en el mundo se hace presente también a través de sus escritos. La tirada global de sus obras de espiritualidad es ciertamente considerable. El 9 de enero de 2001 se creó el Instituto Histórico Josemaría Escrivá, con sede en Roma.
Está abierta la Causa de Canonización y han muerto con fama de santidad varios miembros del Opus Dei, como el primer sucesor del fundador, Mons. Álvaro del Portillo (1914-1994); el ingeniero argentino Isidoro Zorzano (1902-1943), que fue uno de los primeros miembros; la joven estudiante barcelonesa Montse Grases (1941-1959); el médico segoviano Eduardo Ortiz de Landázuri (1910-1985); el pediatra guatemalteco Ernesto Cofiño (1899-1991), impulsor de numerosas iniciativas en beneficio de los más pobres en Centroamérica; el suizo Toni Zweifel, director de una ONG para la ayuda a países en vías de desarrolló (1938-1989); la química madrileña Guadalupe Ortiz de Landázuri (1916-1975), que comenzó el trabajo apostólico del Opus Dei en México; el sacerdote José María Hernández Garnica (1913-1972), que impulsó el trabajo evangelizador en numerosos países de Europa; Encarnación Ortega, una mujer española que trabajó durante muchos junto a San Josemaría en Roma y se dedicó al mundo de la moda; dos padres de familia, Paquita y Tomás Alvira, supernumerarios del Opus Dei; entre otros.