A comienzos de la guerra, cuando se calculaba que su duración sería breve, cabía pensar en medidas a corto plazo: por ejemplo, conseguir una documentación lo bastante segura como para que don Josemaría pudiera permanecer y trabajar sacerdotalmente en Madrid. Aparte del problema del alojamiento —ni los amigos se arriesgan a recibir un sacerdote—, no resulta sencillo procurarse unas acreditaciones personales de garantía: sobre todo, el indispensable certificado de trabajo. De todas maneras, y por si acaso, Isidoro se hará con dos carnets del sindicato de abogados de la CNT: uno para el Padre y otro para Juan.
Pero como la guerra se prolonga, la solución definitiva sería que el Padre —y, en la medida de lo posible, otros con él— fuera evacuado por vía diplomática y pasase a la España nacional: las legaciones extranjeras sacaban, efectivamente, a millares de refugiados. Con ese objeto se ha llevado al Fundador a la Legación de Honduras, acompañado por varios hijos suyos. Pero es un poco tarde. Las gestiones diplomáticas no resultan ya tan eficaces como antes. Isidoro indica cómo «unas veces parece que su evacuación se toca con las manos, y otras hay que ver las posibilidades con telescopio de gran aumento».
Isidoro reúne a varios miembros de la Obra para tratar del asunto: intentarán —sin éxito— que la legación suiza o la checa evacuen al Padre y a Juan entre sus refugiados. Por su parte, Zorzano acude todos los días a la Embajada de Chile, hasta que lo desaniman categóricamente. La Embajada de Panamá —otra posible vía— no tiene más peso que la de Honduras. Y un barco apadrinado por Turquía parece ya completo (aparte de que viaja directamente a Estambul).
Sólo queda una esperanza: se ha constituido una Secretaría General del Cuerpo Diplomático, donde trabaja un salesiano conocido, a quien visita Zorzano. El religioso explica que se unificarán las gestiones de las distintas embajadas y que todos los refugiados serán evacuados. Isidoro prepara unos rótulos para los paquetes —colchones, ropas y libros— que habrán de dejar el Fundador y los demás cuando marchen. Así transcurre mayo..., y nada.
Las esperanzas renacen a comienzos de junio, con ocasión de un viaje del cónsul hondureño a Valencia. Zorzano apunta en su diario: «Tal vez sea la marcha la próxima semana; esta vez, yo creo, es la definitiva». El optimismo se desvanece en cuanto regresa de Valencia el cónsul. Este nuevo fracaso disipa toda confianza en las gestiones a través de Honduras. Hay que buscar otra solución completamente distinta.
Lo primero de todo, rezar con mayor intensidad. Por sugerencia del Padre, Isidoro y los demás hacen un triduo de oraciones a un amigo de don Josemaría: el Beato Pedro Poveda, Fundador de las Teresianas, que murió mártir el 28 de julio de 1936.
En todo caso, Santiago Escrivá debería haber salido del Consulado, con una situación segura en Madrid, antes de que su hermano —el Beato Josemaría— abandone la Legación. Zorzano hará las gestiones, que llevarán un mes largo, para trasladar a Santiago con doña Dolores.
El 31 de julio Isidoro acompaña al Padre y a Juan fuera del Consulado, para sacarse unas fotografías de carnet, que necesitarán. Días más tarde saldrá otras dos veces con don Josemaría, «para ver si se podía solucionar rápidamente su evacuación, pero no ha dado resultado».
Después de fracasar todos los intentos de sacarlo por mediación diplomática, el Padre considera que ya no tiene sentido para él permanecer en Honduras. Aceptó el refugio, buscado por sus hijos, como medida transitoria, para unos días... que se han convertido en cinco meses. Sin perspectivas reales de ser evacuado, la Legación sería simplemente un escondite, que su espíritu sacerdotal no tolera. Decide, pues, dejar el Consulado y ejercer su ministerio, como pueda, en la capital asediada.
El 31 de agosto, el Fundador ha conseguido en Honduras un carnet «profesional» como Intendente del Consulado (lo que le permitirá incluso llevar un brazalete con la bandera de dicho país): se trata de documentos precarios que proporcionan una seguridad más aparente que real. Pero el celo apostólico del Padre no le consiente permanecer encerrado a la espera de nada. Si no puede salir de la capital, ejercerá —de modo heroico, por cierto— su sacerdocio en Madrid. Juan, por su parte, consigue una documentación parecida —intendente del Consulado de Panamá— y se instala, con el Beato Josemaría, en un ático de la calle Ayala.