Todo este quehacer no significa, de ninguna manera, que don Josemaría, Isidoro y los otros vivan al margen de las inquietudes que sacuden el país. Como todos los españoles, siguen la marcha de los acontecimientos. Pero no permiten que la zozobra interrumpa su tarea, realizada de cara a Dios, en cuyas manos se saben seguros. El mismo día 13 de julio se conoce una siniestra noticia: fuerzas del orden público han raptado de su casa y asesinado al parlamentario don José Calvo Sotelo. Su muerte cataliza el consenso de las fuerzas todavía dudosas en colaborar con el alzamiento que viene preparando el general Mola. Se había previsto iniciarlo durante unas maniobras que las tropas de Marruecos realizaron, los días 11 y 12, en el Llano Amarillo: la familia del teniente Zorzano sabe que la unidad de Paco tomaba parte en ellas. Pero sólo el día del entierro de Calvo Sotelo, 15 de julio, llegan a Mola las adhesiones de los carlistas y del general Franco.
El Fundador dice a sus hijos que recen por Calvo Sotelo: por el eterno descanso de su alma, sin implicaciones políticas. El Opus Dei no está vinculado con este o aquel régimen. Los preparativos de DYA y los de Valencia deben continuar, resulte lo que resulte del alzamiento, a todas luces próximo. Por otra parte, los «pronunciamientos» militares, frecuentes en la historia española, solían triunfar o fracasar en unos días. En julio de 1936 nadie imagina que se avecina una guerra de casi tres años. Y las residencias han de estar listas para cuando terminen las vacaciones.
Por eso, el 17 de julio, Ricardo Fernández Vallespín sale hacia Valencia para contratar la casa que está previsto dirija él mismo el curso próximo. El sábado 18 escribe a Isidoro: «Ya he quedado en alquilar la casa de la calle de Calatrava y mañana domingo firmaré el contrato de alquiler. Así es que no sé cuándo me marcharé de aquí».
Pero ya el viernes 17 por la tarde se han levantado las guarniciones militares de Marruecos. Al día siguiente se produce la insurrección en Canarias y en Sevilla. En Madrid el alzamiento tendrá uno de sus principales núcleos en el Cuartel de la Montaña: un enorme caserón, al Oeste de la ciudad, justo enfrente de la nueva DYA.
El sábado 18 por la tarde, mientras limpian la casa, los miembros de la Obra ven un desacostumbrado ajetreo en el cuartel: se van concentrando los militares y falangistas que han de protagonizar el levantamiento. A sus hijos que marchan a dormir en casa de sus familias, el Fundador les pide que telefoneen nada más llegar a sus domicilios: sólo entonces quedará tranquilo.
El domingo 19 se alzan Valladolid, Burgos, Zaragoza, Barcelona, Pamplona y otras plazas. En Madrid se suceden las crisis de gobierno: al de Martínez Barrio, que dura sólo unas horas, le sigue otro presidido por José Giral. Éste arma las milicias populares de la capital. Pero los cerrojos de 45.000 fusiles se guardan, precisamente, en el Cuartel de la Montaña, donde continúa la concentración de insurrectos. Las fuerzas gubernamentales, apoyadas por milicianos, preparan el asedio de los rebeldes. Cuando algunos estudiantes se dirigen a DYA son interceptados, a punta de pistola, por patrullas milicianas. Han de dar un rodeo por las calles de Quintana y Princesa.
En Ferraz 16 —con la radio encendida para escuchar las noticias— cuelgan lámparas, fijan cuadros y ordenan armarios. Se oyen algunos tiros y el paso de guardias civiles a caballo. El Padre infunde tranquilidad: se hará la voluntad de Dios. Los cuartos de los conserjes son trasladados a las habitaciones más seguras, que dan al jardín.
Después de hacer todos juntos un rato de meditación, el Padre manda que Álvaro, José María Hernández de Garnica («Chiqui» para su familia y amigos) y Juan regresen a sus casas. Han de superar varios controles de cuadrillas armadas y sortear las balas. También hoy llevan la indicación de telefonear en cuanto lleguen. En su camino ven los resplandores de las iglesias madrileñas incendiadas por bandas leales al gobierno.
En la residencia pernoctan el Fundador, Isidoro, José María González Barredo y los dos conserjes.
Al amanecer del lunes 20 comienza el asalto al insurrecto Cuartel de la Montaña. Intervienen carros de combate, alguna batería de cañones, tropa regular, las milicias e incluso aviación leal al gobierno. Para el mediodía el reducto ha caído y es invadido por los asaltantes, que se toman una sangrienta venganza.
Hacia la una de la tarde se dispersan los cinco moradores de DYA. El Padre ha de vestir un mono que utilizaba Vicente para la instalación de la casa. Las turbas, que festejan la toma del cuartel y la muerte de sus ocupantes, no reparan en que don Josemaría lleva una ostensible tonsura sacerdotal. Consigue llegar a casa de su madre, en la calle Doctor Cárceles.
Isidoro avisa que está a salvo, pero no deja número de teléfono. Para evitar que alguien lo siguiese y pudiese comprometer a su madre, deambula por Madrid antes de dirigirse a Serrano 51. Un pariente, domiciliado en el mismo edificio que los Zorzano, recordará cómo Isidoro «llegó, al principio de la guerra, un día a casa a las 12 de la noche. Había perdido las gafas y había tenido que hacer un largo recorrido. Había salido de la casa de Ferraz de la cual era Director. Traía el dinero de la asociación en los zapatos escondido».
Por la mañana del jueves 23, Zorzano y Juan se llegan a la residencia. Están recorriendo la casa, cuando suena el timbre de la calle; tras vacilar un poco, abren la puerta y reconocen al visitante: es un joven científico, José María Albareda, que solía frecuentar DYA. Continúan la ronda y comprueban que las balas, en todos los pisos, han atravesado incluso las maderas de los balcones. Hasta en el sótano descubren alguna ventana abierta de un balazo. «Antes de marcharnos», escribe Juan, «rezamos al Ángel Custodio para que cuide la casa».