El Padre sentía sobre sí la honda responsabilidad de hacer y extender el Opus Dei como Dios lo quería. A eso dedicaba su vida y su tarea de gobierno. Muy directa era la responsabilidad del Fundador en la elaboración de nuevos documentos, sobre todo Instrucciones y Cartas, en las que desarrolló diversos aspectos del espíritu del Opus Dei y de las labores apostólicas. El Señor bendijo su fidelidad con un continuo crecimiento del Opus Dei, lo que llevó a instaurar el gobierno central y los gobiernos locales, a precisar las indispensables relaciones entre ellos, y a generalizar la colegialidad como característica esencial de la función de gobierno.

Para estas funciones de gobierno el Padre encontró especial apoyo en Álvaro del Portillo, que era el Secretario General del Opus Dei. Trabajaban casi siempre juntos. Álvaro, que desde 1941 vivía en el centro de Villanueva, venía con mucha frecuencia a Diego de León para trabajar con el Padre, y en ocasiones incluso se quedaba a vivir allí durante algunos días. Y el Padre iba también a menudo a Villanueva para trabajar con Álvaro.

Junto a Álvaro, aunque con mucha menor dedicación, ayudaban al Padre en las funciones de gobierno durante esos años otros hijos suyos mayores, como Isidoro Zorzano mientras se lo permitió su salud, Ricardo Fernández Vallespín, José María Hernández Garnica, Pedro Casciaro, Paco Botella, José Luis Múzquiz y alguno más. El Padre contaba con la ayuda de un Consejo General que él presidía, con Álvaro como Secretario General, Isidoro como Administrador General, y otros con diferentes funciones. Como es fácil comprender, su condición de Fundador le confería atribuciones únicas, pero su humildad y su afán de predicar con el ejemplo la colegialidad le llevaban a someter sus proyectos y deseos a sus colaboradores en el gobierno de la Obra.

El Padre era el Buen Pastor de todas sus hijas e hijos, velaba por ellos con oración, mortificación e inmenso cariño. De modo muy particular les atendía cuando caían enfermos o pasaban por alguna circunstancia comprometida. Una vez, estando los dos solos, el Padre me habló de esa atención y ayuda a los demás en sus dificultades espirituales, desánimos o vacilaciones en el camino emprendido. Me contó que él había hecho algunos viajes a lugares alejados para estar con hijos suyos que lo pasaban mal. Decía que era preciso tener mucha paciencia con las almas, como Dios la tiene con cada uno, porque el Señor permite a veces oscuridades que duran más o menos tiempo; y que se ha de extremar el cariño y la comprensión con quienes se encuentran en esas situaciones. Se les debía ayudar para que les volviera la luz, o para que entendieran al menos la necesidad de ser dóciles y dejarse llevar. Me contó que una vez fue a ver a uno que se hallaba en una situación así, que supo ser leal y dócil en su oscuridad: volvió a gozar de la luz y la felicidad, sirviendo muy bien al Señor y a la Obra. El Padre estaba persuadido de que ese hijo suyo perseveraría fiel hasta el fin.

No pocas veces, el Padre nos advertía acerca de aspectos del espíritu del Opus Dei que debíamos aprender o vivir mejor. Lo hacía con mucha serenidad y paciencia, cargado de razón, y delicadamente. En ocasiones, ponía gran energía en su voz para que se nos grabaran bien las cosas, aunque jamás hería ni molestaba, siempre quedaba patente el gran amor que nos tenía. Y cuando, a pesar de esto, pensaba que alguno podía haber quedado un tanto apesadumbrado, se hacía más tarde el encontradizo con él y le mostraba su afecto paternal de algún modo. Nos decía que, cuando debía corregir, lo pasaba mal antes, durante y después, pero que tenía obligación de hacerlo por el Opus Dei y por nosotros mismos.