Por el largo tiempo que llevaba sin habitar y su nuevo destino, fue indispensable hacer arreglos, adecentar la casa e instalar nuevo mobiliario. La escasez de dinero obligó a que el acondicionamiento se realizara poco a poco, mirando mucho el gasto. El 31 de octubre hicieron ya noche allí la Abuela, Carmen y Santiago, junto con Álvaro e Isidoro. Muy poco después se incorporó el Padre, que estaba fuera de Madrid, así como Vicente Rodríguez Casado, Juan Antonio Galarraga, José Orlandis y Teodoro Ruiz. Durante aquel curso 1940-41, Álvaro fue el director del centro de Diego de León, al que ayudaba Isidoro en los asuntos económicos y materiales. Estaban también adscritos algunos de la Obra que vivían con sus familias.
La entrada desde Diego de León por el portón principal, difícil de atender, sólo se utilizaba para algunas visitas. Todo el movimiento ordinario se hacía por la pequeña puerta de servicio, en Lagasca 116, por lo que llamábamos a ese centro Lagasca, costumbre que duró bastantes años. Desde esta puerta se alcanzaba la cancela del edificio a través del jardín.
En el amueblamiento y decoración de la casa tomó parte principa1 el Padre, ayudado por Álvaro, Ricardo, Pedro Casciaro y algún otro. En cambio, de las instalaciones técnicas de fontanería, electricidad, carpintería, se ocupó Isidoro. Además de acudir a la colaboración de familias de algunos de la Obra, empezando por la del propio don Josemaría, el resto del mobiliario se adquirió mientras corrían los meses. El Padre, acompañado de alguno, recorría tiendas de muebles de ocasión y puestos del Rastro madrileño. En esas visitas descubría utilidades insospechadas a objetos por los que nadie se interesaba, veía la posibilidad de restaurar con poco gasto un mueble destartalado y avejentado o de recomponer un cuadro medio roto y sucio. Con su simpatía y buen humor, conseguía precios más asequibles, se granjeaba la amistad de los vendedores y se ocupaba de sus almas. Por aquellos años, Don Josemaría era muy conocido y querido por quienes se dedicaban al mueble de ocasión; si tardaba en visitarles, le echaban de menos porque, con independencia de que comprara o no, pasaban con él un buen rato con su conversación animosa y cordial.
Aunque se utilizó de forma provisional muy pronto, la instalación del oratorio fue también progresiva. El obispo Administrador Apostólico de Vitoria don Javier Lauzurica, invitado por el Padre, celebró el 23 de febrero de 1941 la Santa Misa y dejó reservado al Señor en el sagrario de modo estable. El oratorio se conserva hoy sustancialmente igual que en aquellos primeros años. El Fundador del Opus Dei hizo allí muchas horas de oración y celebró con frecuencia la misa. A aquel sagrario acudía también cuando le apesadumbraban las duras contradicciones, o cuando su corazón rompía en acciones de gracias al ver la mano de Dios en el desarrollo de la Obra. Allí nos convocaba a sus hijos para darnos las buenas noticias, para hacernos partícipes de sus afanes y también de algunas dificultades.
El invierno 1940-41 fue en Madrid particularmente duro. En Diego de León no se utilizó la calefacción porque su instalación no estaba en condiciones y no había dinero para arreglarla. Con la excusa de que vivían pocos para las dimensiones de la casa, los únicos elementos para reducir el frío eran un brasero en la mesa camilla de la Abuela y alguna pequeña estufa para el oratorio o lugar de trabajo. Con los altos techos de las plantas nobles, los suelos de mármol o baldosa desnudos en su mayor parte, y los espacios medio vacíos, el frío y la humedad calaban y provocaban con frecuencia tiritonas. Tampoco se disponía de agua caliente para baños, duchas ni lavabos.
Aunque durante todo ese curso 1940-1941 seguí residiendo en Jenner, los de la Obra acudíamos a menudo a Diego de León. En esas visitas descubríamos los avances en la decoración -un nuevo mueble, unos apliques recién instalados, una alfombra-, que contribuían a hacer la casa más acogedora.