Al mismo tiempo que se desencadenaba el conflicto, se agudizó en el país la persecución religiosa. Cientos de sacerdotes fueron asesinados durante esos días sólo por el hecho de serlo. Eso hizo que ante los continuos registros en la casa de Rey Francisco, el 8 de agosto se viese obligado a abandonar el domicilio materno y comenzase un largo recorrido por diversos lugares de Madrid, de refugio en refugio.
Eso era muy peligroso, tanto para él como para las personas que le acogían, que sabían que el simple hecho de albergar a un sacerdote en casa les podía llevar a la muerte.
Pasó la noche del 8 de agosto en una pensión en la calle Menéndez Pelayo, nº 13. Fue luego al domicilio de un conocido, Sáinz de los Terreros, en la calle Sagasta donde estuvo desde el día 9 al 30 de agosto. El 1 de septiembre le acogió en su casa por unos días la familia Herrero Fontana.
El 4 de septiembre pasó a casa de Álvaro González, en la calle Caracas, nº 15. Permaneció allí la noche del 4 al 5 de septiembre. Ese día trasladó a la calle Serrano, nº 39, junto con Álvaro del Portillo, que estaba refugiado en aquel lugar. Estuvo allí durante el resto del mes de septiembre.
El 2 de octubre, ante el temor de nuevos registros, tuvo que dejar ese refugio de la calle Serrano, y alojarse de nuevo con los Herrero Fontana, en la calle de Herradores, cerca de la plaza Mayor. Pero tampoco era lugar seguro, y eso hizo que el día 3 de octubre se fuese a casa de un conocido, Eugenio Sellés, en la calle Maestro Chapí, nº 11. Estuvo allí tres días, hasta el 6 de octubre.
El 6 de octubre regresó de nuevo a casa de los Herrero, y al día siguiente, 7 de octubre, logró refugiarse en la Clínica del Doctor Suils, en la calle Arturo Soria. Le condujo hasta allí Joaquín Herrero, que hizo valer su condición de médico cuando el conductor del vehículo propuso matar a San Josemaría, que se hacía pasar por un enfermo mental para salvar la vida.
Estuvo en la Clínica del doctor Suils unos cinco meses y medio, desde el 7 de octubre de 1936 hasta el 14 de marzo de 1937, día en que pudo trasladarse a un nuevo refugio: La Legación de Honduras, en el Paseo de la Castellana, junto a la Plaza de Castelar.
En la Legación su cuerpo acusó de tal manera el peso de tantos sufrimientos —llevaba muchos meses de hambres, tensiones continuas y peligros de muerte— que cuando fue a verle su madre no le reconoció a primera vista por lo delgado, demacrado y agotado que se encontraba.
A finales de agosto en la Legación le proporcionaron una documentación que le permitía cierta libertad de movimientos se alojó en una pensión de la calle Ayala, hasta que el 7 de octubre abandonó Madrid, camino de Barcelona, por Valencia.
El 19 de noviembre salió hacia el Pirineo y realizó una travesía a pie a través de las montañas que le llevó hasta Andorra, a donde llegó el 2 de diciembre, acompañado por un pequeño grupo de personas. El 12 de diciembre llegó a San Sebastián. Pasó el resto del mes y las Navidades en Pamplona. Desde allí se trasladó a Burgos desde donde atendía sacerdotalmente a numerosas personas desperdigadas por diversos lugares del país a causa de la guerra.