La caída de la República hizo posible reabrir las iglesias y restablecer el culto religioso en Madrid y en las zonas donde había estado prohibido. Los católicos de toda España respondieron con fervor y renacieron las manifestaciones de religiosidad popular.
En muchos casos, las celebraciones religiosas públicas cobraban fuertes tonos nacionalistas. Según un periódico católico, en la procesión del Corpus Christi de Madrid, en junio de 1939, los participantes alternaron los himnos religiosos con los falangistas y daban vivas a “Cristo Rey, al ejército español y a su invencible Caudillo”. A la vez, las celebraciones civiles solían cobrar un tono religioso, con una importante participación de sacerdotes y obispos. Esta mezcla hizo que muchos identificaran la religión con el nacionalismo español, rechazaran el secularismo y el liberalismo, y tuvieran a Franco por salvador de España y de la Iglesia.
La Iglesia recibió del régimen de Franco concesiones substanciales en las áreas de educación y de moralidad pública. Las órdenes religiosas dominaron la educación secundaria. En 1950, había aproximadamente 625 centros de educación secundaria dirigidos por religiosos y sólo 125 del estado. Los centros públicos no diferían mucho de los religiosos en lo que se refiere a su carácter católico. Había crucifijos en todas las aulas y la jornada escolar empezaba y terminaba con una oración; los alumnos acudían masivamente a los actos religiosos y los libros de texto oficiales presentaban el catolicismo como el alma de la cultura española. En lo que se refiere a la moralidad pública, los censores oficiales de periódicos, revistas, libros y películas vigilaban no sólo las críticas al régimen, sino también cualquier manifestación contraria a la moral o la doctrina católica.
En otras áreas de la vida, el régimen era mucho menos favorable a la Iglesia. Prohibió las organizaciones obreras, agrícolas o estudiantiles católicas. El régimen de partido único no contemplaba la posibilidad de una formación política como la CEDA. Franco esperaba que la Iglesia se recluyera en los templos y en las aulas, y que pasara sin una presencia institucional en otras áreas de la vida en las que durante casi un siglo había tenido un peso importante.
Algunos miembros del clero estaban preocupados no sólo por esta marginación de la Iglesia, sino también por la inclinación del régimen a favor del Eje. Les agradaba su anticomunismo, pero temían que una posición pro Eje pudiera degenerar en un sistema basado en el racismo nazi y la superioridad absoluta del estado sobre la Iglesia, la familia y la educación. En varias ocasiones, la jerarquía española habló contra el nazismo. En 1940 el cardenal Segura publicó una crítica velada contra la política española de intercambios culturales con la Alemania nazi. En 1941 el obispo de Calahorra publicó una carta pastoral de denuncia del nazismo. En 1942 el nuncio papal urgió a la jerarquía a condenar las teorías racistas y antirreligiosas nazis. En 1943, la revista oficial católica “Ecclesia” publicó el texto de una declaración, en la que el cardenal belga Van Roey negaba con claridad que la Alemania nazi estuviera luchando a favor de la cristiandad.
Estas declaraciones públicas contra el nazismo eran más bien aisladas. Aunque algunos miembros de la jerarquía y parte del clero estaban alarmados por los aspectos racistas y totalitarios del nacionalsocialismo y por las aspiraciones totalitarias de la Falange, pocas veces hablaban abiertamente contra ellas. Tampoco su ocasional denuncia pública del nazismo suponía una oposición a Franco ni, mucho menos, un apoyo al liberalismo o a la democracia. Tras la experiencia de la Guerra Civil, no sorprende que la mayoría de los obispos condenara abiertamente el comunismo ni que agradeciera a Franco el fin de la brutal persecución religiosa.
