Tras la caída de Cataluña, Negrín y algunos ministros regresaron a España para intentar negociar condiciones de paz. Franco insistió en que sólo aceptaría la rendición incondicional. El repliegue de Francia y el Reino Unido ante Alemania en Munich en el otoño de 1938 había socavado seriamente las esperanzas de la República de un cambio favorable en el clima internacional. Negrín, sin embargo, urgido por los comunistas, decidió que la resistencia era preferible a la rendición incondicional. Un grupo de oficiales, al mando del general Casado, dio un golpe en Madrid contra el gobierno de Negrín. A mediados de marzo, Casado controlaba la capital. El 19 de marzo, abrió negociaciones formales con Franco, pero pronto quedaron rotas por la negativa de éste a aceptar condiciones. Lo poco que quedaba del maltrecho ejército republicano empezó a disolverse y los nacionales entraron en Madrid sin oposición. El 1 de abril de 1939, Franco anunció oficialmente el final de la guerra.
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Para el Opus Dei, los dos años entre marzo de 1937 y abril de 1939 fueron sobre todo un periodo de sacrificio escondido y de oración. Hubo momentos muy dramáticos y de gran peligro. Sin embargo, el significado profundo de esos años no hay que buscarlo en la dureza misma de los acontecimientos, sino en el esfuerzo diario de los miembros de la Obra para santificarse y hacer apostolado en circunstancias extremadamente desfavorables. Al cabo de esos dos años había pocos logros externos, pero el Opus Dei salió de la guerra fortalecido gracias a la lucha heroica en medio de las mayores privaciones.
