Hubo algunos que, amparándose en un pretendido «espíritu conciliar», suscitaron desórdenes y desviacionismos doctrinales y prácticos. Esa situación —frecuente en los periodos post-conciliares— llegó a ser tan preocupante que el Papa Pablo VI denunció con energía “una falsa y abusiva interpretación del Concilio, que querría una ruptura con la tradición, incluso doctrinal, llegando al rechazo de la Iglesia preconciliar y al libertinaje de concebir una Iglesia “nueva”, casi “reinventada” en su interior, en la constitución, en el dogma, en las costumbres, en el derecho”.
Unido al sentir del Santo Padre, Josemaría Escrivá sufrió indeciblemente: acudió a la oración y a la mortificación, sin perder el optimismo, confiando siempre en la acción vivificadora del Espíritu en su Iglesia. Inició una sucesión de peregrinaciones a santuarios marianos, pidiendo a la Virgen que acabara lo antes posible aquella prueba. Me da pena la Iglesia, me dan pena las almas. Muchas veces acabo el día fatigado por el esfuerzo de rezar continuamente: siempre pidiendo, siempre pidiendo, con la confianza de que el Señor tiene que escucharme. Y, entonces, el peso de ese cansancio procuro convertirlo en oración, y ofrezco al Señor mis miserias, mis buenos deseos y el buen afán de hacer muchas cosas, que quisiera acabar y no llego, mientras le digo con un abandono total: ¡Señor, por tu Iglesia, por mis hijas y mis hijos, por mí! ¡Mira que es tu Iglesia, que somos tus hijos, que son tuyas las almas!
Algunos cayeron en actitudes derrotistas y extremas. Josemaría Escrivá confió en que pronto llegarían los frutos del Concilio, y recordó que en los momentos de crisis profundas en la historia de la Iglesia, no han sido nunca muchos los que, permaneciendo fieles, han reunido además la preparación espiritual y doctrinal suficiente, los resortes morales e intelectuales, para oponer una decidida resistencia a los agentes de la maldad. Pero esos pocos han colmado de luz de nuevo la Iglesia y el mundo.
